花塔是六榕寺一大标志，一大特色。它的历史和六榕寺一样久远。寺和塔是同时建成的，最初是木质塔，是为了供奉梁武帝母舅昙裕法师从海外携回的舍利（佛骨）而建的，故当时称舍利塔。根据唐初王勃写的《广州宝庄严舍利塔记》一文来看，当时该塔是方形、六级，塔内有壁画。
唐末，寺和塔同毁于战火。
北宋元右元年（公元1086年），由主薄林修发起募捐重修寺塔，历时十年才告落成，为木塔、八角，外观九级，连暗层共十七层，塔高57.6米，各外层均有回廊围绕，以便游人登高眺望。因塔身外观朱栏碧瓦，丹柱粉墙，璀灿夺目，姿彩如花，故俗称花塔，沿用至今。
花塔各朝代屡有重修，但都保持宋代原貌。元朝至正十八年（公元1358年）又一次重修花塔，在塔顶中央加一条铜柱，称为塔刹，柱身密布1023尊雕佛像和云气缭绕的天宫，柱的顶端戴以五金合铸的宝珠，用八条钢链从八面如紧，使之不致因风吹而柱动。
民国四年（公元1915年）广州地震，塔身出现裂痕，被迫封闭塔门，禁止登塔。直至民国廿三年（公元1934年）才动工重修，用现代的钢筋水泥加固，原来的木栏杆改用铁栏杆，历时一年零七个月完工。花塔虽有现代结构，但仍保持着原来的宋代形式和风格。
今天游人登上塔顶层远眺，三百里羊城尽收眼底，秀丽珠江像条银练飘渺于云门，诚一大景观。

花塔