民国时期，广东伊斯兰教的慈善事业不仅尽力保持了以前历代所建立的规模，而且还有进一步的发展。
清朝时建立的教善公箱、平安处、清真别舍、“恤妇房”等，这时继续存在。其中的“恤妇房”由于大新路扩建为马路，原址部分被拆，遂由四坊箱清真寺公箱另拨南胜里东的平房两间作为新址，改名为“寡妇房”。广州沦陷期间，众寡妇流离四散，不少人生活无着，凄惨死去。抗战胜利后，中国回教协会广州支会将原来的寡妇房恢复起来，当时所收容的老人不限于寡妇，老弱无依的男人也收容，因此更名为“安老所”。
民国期间广州伊斯兰教先后成立了一些新的慈善机构组织。主要有慎终会和慈幼院。慎终会成立于1925年，有南胜寺创立，旨在帮助解决穆斯林身后之事，是具有人寿保险性质的组织。规定入会穆斯林先交基本金1元，薄费2角，每人每月再交会费4角，以一百个月为满。凡供满两个月以上会费而去世的，可由家人具领公帮费50元；会费交满一百个月的，死后可得公帮费60元。该会开始时会员只有500人，后来由于信誉好，群众要求扩大接纳新会员，于是在1932年成立慎终会第二组，会员达到800人，其中除广州的穆斯林外，亦有不少会员是来自是来自港澳。抗战期间，慎终会由于没有会费收入，不少会友死亡，该会只好停发丧费。但经办人马庆云刻意保管该会财产档案，抗战胜利后，又重新恢复活动，会友死亡，仍能发给丧费。民国时期广州穆斯林成立的与慎终会相类似的组织，还有崇善会（1929年在濠畔寺成立）和同益会（1934年在东营寺成立）等，不过它们活动的时间较短。
慈幼院建立于1946年。最初是广州的濠畔寺创办了一所孤儿院，收容30多个生活无依的回族孤儿，免费供给膳宿，并组织学习，同年南胜寺又创立了一个哈里发班，以培养阿訇接班人为目的，吸收了十多个具有一定阿拉伯文基础知识的回族少年儿童，供给膳宿，以学习阿文教义为主，后来为了便于管理和集中向有关部门请领资助，遂将孤儿院和哈里发班合并，称作慈幼院，作为中国回教协会广州支会辐射的慈善机构。合并以后，该院经费主要来自三方面：联合国善后救济总署广州分署配给的救济物资；广州市救济福利事业审议委员会一度发给的膳食补助费；港穗穆斯林的捐赠。广州解放后，慈幼院依靠先前的积存款项维持到了1952年才结束。

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