在这之后，昙裕法师不顾疲弱之身，振奋精神，在宝庄严寺大殿前兴筑舍利塔瘗骨。
建塔之初，因从梁武帝和昭明太子到整个皇室，以及朝廷王公官员都钦崇佛法，建塔工作得以顺利进行。
相传昙裕法师建塔时遇到了地下水位高的难题，当年的宝庄严寺距珠江不足一千米。为了使佛舍利永久瘗藏，必须保证塔的安全，地基在选择坚硬的岩土，并要进行深挖。因此，建塔工程浩大，用水量激增，必须筑蓄水池和加凿水井。环列基外的九口古井，是用来阻隔地下水，使塔基保持坚固的。这种设计现仍为当代设计界所称道。
昙裕法师奉勅创建的舍利塔是一座四角形的六层木塔，塔顶层自四面而向上合尖而成塔刹。各层内处及通道刻镂图画人物、鸟兽、山川、草木俱全，塔的造型及所刻图案是昙裕法师参考佛经故事和在国内外游历所见加以改良而设计的。正如王勃《塔碑》云：“璇基岌其六峙”，“连甍四合”，“是栖银椁，用府琼函”，“瑶窗绣户，洞达交辉”，“雕镌备勒，飞禽走兽之奇；藻绘争开，复地重天之变。”据史载，此塔约在梁朝537—557年间建成。宝庄严寺舍利塔是岭南地区最早有确切文字记述之佛塔，也是中国古代建筑史上有遗迹可考的最早佛塔之一。

六榕寺