明正统五年（1440），陈琏（东莞人，时任礼部侍郞）撰《重修净慧寺千佛塔碑》云：“塔现神光，观者万余。”当时住持僧无心净逸禅师“罄已衣钵重修寺塔。”
明嘉靖二十九年（1550年），黄衷（南海人），时任兵部右侍郞撰《重修净慧寺千佛塔颂》云：“乃岁丙申，卧疴斋阁。所侍二僮夜起视药檐下，咄咄作骇异声。刺呼问之，云适见赤光满庭，烨烨如昼。比出四望，光处塔来，星彩顿掩，浮动顷之，渐白而散……已亥复现，亦如之。”此则碑记，记述了嘉靖丙申年（1536）和己亥年（1539）所见舍利塔放光之景象。有见于此，高僧、僧官和本寺住持力行募化，“大设施会，檀那毕集，修虔而赴者，或捐钿贝”，自嘉靖二十七年（1548）动工，至二十九年（1550）五月完成。
《番禺县志》载：“净慧寺窣堵波九层，万历甲寅（1614），天启辛酉（1621），放光二次，一次五色，一次白色，蒸腾璀璨，烁入重霄。”是为此次重修之缘起。番禺人赵公性撰《重修塔上佛像报本碑记》将万历年间三次重修事迹记述下来。碑云；“重修殿宇龛座，雕造佛菩萨等像，新装金饰共凡三十余尊，复寺旧颜‘净慧’，时万历丙辰（1616）也。”“丁已岁（1617），金饰塔上佛菩萨像八十八尊……殿后奉供接引导师圣像，祖集诸缁素念佛，回向西方，又手书《大方广华严》等经，同众刻金钢弥陀普门等帙，暨以经纤佛像赍图，广施劝化。”天启元年（1621）千佛塔顶迸发白光，时任住持继山定邵禅师命嗣法弟子觉玄仁佐率众修复白云山柯子岭净慧寺祖师墓塔。
每次舍利塔放光现象，无论真假，是否有多人看过，都成为引发重修寺塔和庄严佛像的机缘，而且也借此激励僧众诵经念佛，研习法宝。

六榕寺