清代，自雍正诏令各省、府、州、县兴办各级书院后，书院之场所、设置、经费都得到各级官府的筹措、调拨及鼎力支持，而书院为了适应以科考为中心的教育体制，亦相应调整并完善其管理模式，使之进一步规范化和制度化。粤秀书院为省会书院，规格高，管理要求亦高。
一般书院职事有：山长（即院长）或掌教、监院、襄校、都讲、斋长、书办、礼书、看厮等职事。山长（即院长）或掌教是书院的学术带头人、主讲者、行政负责人；监院为书院日常行政、财务以及学生秩序、藏书、庶务等统管；襄校协助院长教学；都讲为可独立开课的教师；斋长从住院就读生员品学兼优者中选出，为诸生察考勤、劝善过、释疑难、助庶务者；书办、礼书则承担书院文书、礼书、膏火册，以及书院之田租、铺租修补等多项管理；看厮为院内杂工、伙伕等。粤秀书院经费来源充足、稳定，试卷常送抚院批阅，抚院各司、道官员亦有来讲课，管理上各司其职，十分完善。下面只着重介绍一些主要制度。
（一）办学宗旨、教学与管理
1．办学宗旨。粤秀书院之教育目的是使诸生“处则为正士，出则为良臣。”为此，书院之教育一为道德教化，令之“处则为正士”；二为应试科考，使之“出则为良臣”。书院对诸生道德教化甚为重视，列为“学者之要”，把树立优良传统道德为首任。士子重品行“读书先为明人伦，而人伦者，首推孝悌……以为根本”。“父子有亲，君臣有义，夫妇有别，长幼有序，朋友有信……敬敷五教，即此是也，学者学此而已。”其次，诸生学习须“三要”，即“修身”、“处事”、“接吻”。修身之要在于“言忠信，行笃敬，惩息忿息欲，迁善改过”；处事之要在于“正其谊，不谋其利，明其道，不计其功”；而接吻之要在于：“已所不欲，勿施于人；行有不得，反求诸已。”书院讲堂屏板之上，以正楷书白鹿洞书院程（端蒙）、董（铢）（此二人皆朱熹名徒）立学守则作为书院教化诸生之则（即十八条），让诸生时刻铭记其道德内容及行为规范，至今仍有可取之处。
乾隆二十年（1755），冯成修任山长，制定《粤秀学约》，其主要条款为：①端士习；②立志向；③崇正学；④重小学；⑤敦实学；⑥崇实学；⑦重师友；⑧立课程；⑨看书理；⑩习举业；○11重文体；○12正题目；○13习诗学。
至嘉庆六年（1801）冯敏昌（曾任刑部主事）掌教时又对《学约》进行增订，主要条款有：①学业一则：正学、品行、义行、礼文；②敬业一则：读注、看书、读史、诸学、训诂、学书、古文；③论文一则：文体；④崇雅一则：诗赋；⑤务实一则：立课程，勉应课；⑥去非一则：简出入，戒非事。
及至嘉庆十四年，督、抚为“屏黜浮华，敦崇实学，以培国家有用之才”。对原书院规条“重行厘定”共19条（详见附录《粤秀书院学规》，嘉庆十四年版）。
2．教学。书院设膏火、课考奖赏等养士之制，其目的不外为科第，科第成功，才算养士成功。科第是否成功。则看科第（试）之“取中率”。此既关乎书院之声誉，亦关乎士子“求功名”之前途，故应试教育为书院首要内容，教学形式也按应试格式。据《清史稿》卷一百O八《选举志》叙述，科举是以“四书”书义命题，答题以朱熹集注为依据。以“五经”经义为命题，答题按规定注疏阐述，不得自主发挥、自主见解。按规定，乡试、会试，首场“四书”三题，“五经”各四题，士子各占一经；二场论一道、判五道、诏、诰、表、内科一场；三场试经史时务策五道。书写要用俳偶文体，格式甚严，要求繁琐苛刻，并以200-700字为限，俗称“八股文”。读书人就要从童生开始，努力练“八股文”。最常用的办法就是“贴括”。即以所习经文，掩其两端，中间惟开一行，裁纸为贴，默熟答案，故称“贴括”。
国家以“贴括”取士，所以粤秀书院就十分重视“贴括”式教学。后来两广总督阮元谈到粤秀书院学风时就批评其“止以制艺贴与诸生衡得失”。
在教学上，因书院每月有二十天时间由学生自己掌握，所以，书院很强调学生按传统做好自学。每个学生都有一本手册，务必将自己每月每日读何书、书何起止、做何功课等详细记录，待院长察核。院长讲课亦不多，每月逢二、八日（每月共六天），学生到讲堂听院长讲解“四书”、“五经”。院长提出问题，学生要各抒心得，贯通义蕴，明白宣讲。院长并检查学生日记手册，答疑解惑。书院每月考课三次，其中初三是官（考）课，由督、抚及各司、道大吏轮番坐课、命题审阅试卷，划分等第；十三和廿三为棺（考）课，由院长主持。考课的形式和内容与科考一致。课考试题，不离制艺，但因时制宜，以四书文为主，所谓代圣贤立言，以清真雅正为宗，虽增添策、疏、论、词、赋等，究竟不及四书文重要。官、馆（考）课的优秀者由官府和书院各拨银奖励。考课时，学生黎明登堂，向院长揖坐、封门发卷，即日当交，若抄刻文，或雷同者，或未完作者，正课生降为附课生，附课生则除名。连考三次，后五名者，正课生降为外课生，附课、外课者皆除名。连考三次优秀者，外课升正课，附课升外课。从粤秀书院厅、堂上横匾所书“敦诗说礼”、“诵经致用”、“明体达用”、“匠成翘秀”来看，就是希望通过“四书”、“五经”的教化，使学生“处则为正士，出则为良臣”。书院的教育、教学都围绕这一目标进行。
粤秀书院设有考课格册，凡入院课文者，人占册一篇，篇分九格，计每月三课，毕一季而得九课，各将其递考取名次，按月登记。俟九课并讫，列单同册送抚部稽核，如有三次不取录者，则抚部为之亲试一次，察其文理，无所进益，不谋造就，即责退别补；否则仍留之以俟再课。
3.诸生待遇。书院诸生待遇主要有三：一为膏火，二为奖赏，三为宾兴。
膏火：为生活费用最重要的来源。膏火之多少，则根据书院之收入及确定之学额而定，粤秀书院为省会书院，督、抚关顾，有政府财政补贴，经费充足又稳定，故其学额与膏火都变化不大（见表2-1）。
表2-1
诸生膏火待遇
年代 内 课 外 课
总数
膏火
备注
生监 童生 生监 童生
乾隆二十年（1755） 80 20 0 0 100 1.5两/人•月 乡试之年，正（内）课生监增15名。附课生监增10名（附课生无膏火，有宾兴）
嘉庆十四年（1806） 80 20 40 10 150 1.8两/人•月
奖赏：奖赏以官课为优，师课则视各个书院收入而定。而官课又以督、抚为优，司道课次之。督抚课生监类有超等取1名，奖银5银，其余（2—10名）奖3钱，特等首名奖2.5钱。
童生类有上取，取上名，奖银1.5钱。司道课生监类有超等取1名，奖银2.5钱，其余（2—10名）奖1.5钱，特等首名奖1.5钱。
宾兴：逢乡试与会试之年，书院为方便学子赴试，设发“宾兴”（赴考补助）之费。粤秀书院之办法为：预支1—2个月之膏火费（以上为嘉庆十年之数字）。
（二）院长之聘书、待遇及地位
书院之院长，唐代称使，宋以来称山长，间有称院长。清乾隆三十年谕：“各省书院廷师训课，向有山长之称，名义殊为未协，既曰书院，则主讲席者自应称为院长。”院长为书院主讲（学术带头人），关乎该地科举会试之优劣，故“乾隆元年，礼部复议书院院长应饬令督抚学臣悉心采访，不拘本省与邻省，亦不论已仕未仕，但择品行方正，学问博通，素为士林推重者，以礼相廷，厚给廪饩，俾得安心训导”（《粤秀书院志》卷九•师席表）。故此，督、抚、学臣对粤秀书院之院长选聘十分重视，待遇优厚，礼仪尊重。因此，粤秀书院之院长大多为仕林出身，曾供职翰林或行走官宦之词林贤达，行优学博之才或耆硕彥、经明行修者。
粤秀书院院长待遇优厚，其岁入如下：修金500两，薪膳194.4两，节仪10两，总数705.5两，另课席银17.6两。此外，每年选录之生童还有贽见之礼，若按越华书院之例制，正课生二两八钱，外课生二两一钱，附课生一两四钱，粤秀书院（嘉庆十四年）内课生100名，外课生50名，年共得贽见银385两，故院长年收入不下千两，颇为丰厚。
引外，院长之地位亦十分尊崇，书院启馆（即开学典礼）仪式虽简单，却隆重，据《粤秀书院志•故事：祀典》所载。
清晨，院长梳洗完毕，穿着整齐，到先贤堂拈香，行一跪三叩礼，然后回院长厅房静候。书院学生则齐集于大堂前“撷秀育英庭”肃立。不久，各司、道官员率领着府、州、县官员齐集到书院门前旷地，并差人向总督、巡抚禀请。这时，院长亦步出到大堂恭候。当总督、巡抚率领众官进入书院时，院长步出大堂迎接，并与众官员一起到讲堂。 这时，礼宾上前禀请院长改坐客座，请总督、巡抚坐到主席，各司、道、府、州、县官员按次序站立在讲堂两楹之下，而学生齐集到讲堂石阶下。此时，讲堂内外严肃、静穆。礼宾上前唱礼，总督、巡抚官员起座，向院长行四拜礼，院长起座还回四拜礼，礼毕；礼宾引众学生进讲堂先向院长行四拜礼，院长只受两拜，免两拜，改行三鞠躬，礼毕；礼宾引众学生向总督、巡抚行四拜礼，同样，督、抚受半，免半，再行鞠躬；最后，礼宾又引学生向各司、道、府、州、县官行礼如前。众学生礼毕，在礼宾指引下，退出讲堂，回堂前阶下静立。
堂内礼毕，总督、巡抚与院长分宾、主而坐，众官员京按次序而坐，院役鱼贯上前献茶，此间，院长与众官员彼此闲叙。茶叙后，众官告辞，院长送众官至大堂后坐定，而学生回大堂前，待院长升座，才进入大堂，与院长相揖而散，启馆仪式结束。

粤秀书院