苏东坡被贬岭南，初贬惠州，再贬海南儋州，心情郁闷，一有机会，便外出游览，与和尚道士结交，还自称“居士”。宋元符三年（1100），宋哲宗死，徽宗即位，章惇（苏轼的政敌）被罢相，东坡才松了一口气，得以逐步内移北返。初移廉州（今合浦），在北返途中，路经广州，作短暂逗留，和地方官见过面，并应邀前往距天庆观不远的净慧寺和佛塔参观游览。
净慧寺原名宝庄严寺。“宝庄严”语出《华严经》：善财童子经文殊菩萨指点，到过五十三个地方的“善知识”（导师）求教，终于成为菩萨，“宝庄严”就是那五十三个地方之一，用作寺名，寓意“迷津引渡”。
据初唐文坛四杰之一的王勃所撰《广州宝庄严寺舍利塔记》记载，该寺建于南朝刘宋（明帝）年代（465～472）。当年王勃前往交趾探亲，路过广州，应邀撰此碑文，文中称赞该舍利塔“巍峨轮奂，雄耸天半，海泊收港，引为表望”。可见当时已成名胜。
舍利塔后于佛寺建成。梁武帝大同三年（537），奉命出使扶南国（今柬埔寨）的昙裕大智法师求得舍利子带回广州。昙裕请居宝庄严寺，皇帝诏许，并分留部分舍利于该寺；广州刺吏不敢怠慢，就命人在宝庄严寺筑塔藏供舍利子，时称舍利塔。
宝庄严寺曾改名为长寿寺。宋初，寺和塔均毁于火。端拱二年（989）重建，改称净慧寺，奉禅宗，铸六祖惠能铜像。元祐二年（1090），在旧塔基上重建佛塔，历时9年而成，内供千佛及五百罗汉，改名千佛塔。
那天苏东坡在几个官员的陪同下，来到净慧寺，参观了弥勒殿、天王殿、韦驮殿、观音阁、大雄宝殿，仔细看了六祖的铜像和王勃所撰的碑文。他很赞赏王勃的诗文，深为他的早死而惋惜。
苏东坡兴致勃勃地登上了千佛塔。在高处凭栏远眺，广州风光尽收眼底，顿觉胸中舒畅。佛寺住持道琮向苏轼介绍说，此塔为佛教徒林修（宝鸡主簿）募资重建，塔基很特别，当年掘地，发现有九口古井环列基外，中央置一鼎，内藏三剑、一镜和佛舍利。九井连环于基外，作用是阻挡地下水入侵塔基——那时塔下就是珠江边，水位较高，挖地数尺，水即涌出。林修重建时保留塔基九井及诸物不动。
这塔后来又经多次增建和修葺，至清初，八旗兵环寺驻军，兵士见塔身建筑装饰颜色斑斓，姿彩如花，乃呼之为“花塔”，此后市民习用此称。这是后话。
话说苏东坡从塔上走下来，游兴不减，在庭院中，流连半日毫无倦意，轻揺纸扇，有说有笑，名士风度，令人倾倒。主持道琮久仰苏轼大名，乃抓住这个机会，向苏轼索求墨宝，以为纪念。苏轼见庭院中有古榕六株，苍翠茂盛，婆娑如盖，生机盎然，甚觉可爱；又见榕间有亭，尚未有匾，乃欣然命笔，写下“六榕”二字。字为楷书，厚重雍容。落款为“眉山苏轼题并书”。既曰“题”，又曰“书”，东坡解释说：就算是给小亭作个匾吧。
道琮大喜过望，谢过坡公，即令人拿去作匾，悬于小亭之上。自此，苏轼所书“六榕”手迹，成为该寺的一件重要文物，而为游客所知；后来有人索性称该寺为“六榕寺”。至清光绪元年（1875），寺塔修葺，巡抚张兆栋见东坡墨宝，甚觉可贵，乃拓字制匾，悬于寺门，正式改名为六榕寺。
东坡的题字使六榕寺知名度大增。不但六榕寺以题字而得名，到后来，连六榕寺所在的街道，也更名为六榕路了。
可惜寺内的六株古榕，竟不知什么时候什么原因消失了。至今，寺门两边有对联云：
一塔有碑留博士
六榕无树记东坡
“博士”指王勃。王勃所撰碑文3200字原刻石立碑，碑虽早毁，文却永存（见《王子安集》）。“无树”似有点无奈，后人在寺内补植榕树，并筑“补榕亭”，也算是对苏东坡的纪念吧。

苏东坡 六榕