西医书院以掌院主持全院事务，由史持渥地博士Dr.SteWzrt担任，下设教务长，由孟生博士担任，1889年后由康德黎（又译简地利DrJzmes Czntlie）担任，教师有外国和中国的各课老师，他们都是当时香港精英，学制五年，课程设计与内容安排：第一学年为七科，植物学、化学、解剖学、生理学、药物学、物理学、临床诊察；第二学年为六科，解剖学、生理学、医学、产科及妇科、病理学、外科学（西医学又分原理并实习与临床二类）；第三学年学科渐减，实习增加，第四年计新增学科三科，法医学,公众卫生、实用初级外科；第五学年，注重医学与外科、产科的深造，教学全是采用英语，为以后孙流畅翻译外国医药学书籍创造条件。这里要特别说明的是学生在与学习与实习时什么都干，既做临床又做司药。