宋开宝四年（971），南汉灭亡，宝庄严寺和寺塔随之烧毁，从此湮没了100多年。宋元祐元年（1086），净慧寺住持德超和尚延请名僧道琮来寺弘法，法席甚盛。其时，南海人林修居士（曾任凤翔郡宝鸡县主簿）与信士王衢等，与住持德超和尚和道琮和尚商议募修宝塔之事。林修好善喜施，出家资巨万以倡之，城里善信数百人响应，于是鸠式庀材，协力办事。
据《百粤掌故丛谈》记载，舍利塔毁于火后，几乎荡然无存。后有本地士绅姓林名修者，年少英俊，家境富有，平日生性豪爽，广交四方来客，敢作敢为，遇事常作出令人惊愕之举。其为人仗义，胆量过人，好打抱不平，因此甚得人气，本地恶少唯恐避之不及。
当时有位贫困书生住在附近，其妻年轻美貌，为当地官员所觊觎已久。某一天竟走上门来，威迫利诱欲行强暴。该女挣扎誓死不从，呼喊之声传于几条街之外。林修在家听到后怒发冲冠，持械而出并将其棒打。该官员恼羞成怒，召其党徒数十人围殴林修，欲置于死地。当地居民见状，大动公愤，拿起器械，组织起来纷纷加入林修一方，和官府对抗起来，混乱当中，平时一些作威作福的官员也被打死。
事情越闹越大。当时朝廷驻粤最高长官——广州郡守勃然大怒，反诬林修为叛逆，调动官兵把城墙围堵起来，欲诱捕之。
林修寡不敌众，走投无路，只好趁晚上月黑风高之际逃匿，一片已经焚毁多年的宝庄严寺的颓垣瓦砾，成了他的栖身场所。
谁知官兵在别处寻不着，也向这边走来。眼见围困的官兵越来越近，林修自知不妙，他在极度惶恐中只好不停地口念阿弥陀佛，求佛祖保佑。平时他也没有太多向佛祖表示什么的，此时也只能这样了。
正默念这际，骤然雷声隆隆，倾盆大雨飘然而至，官兵四散走开。
林修在极度无助之时，骤然得到天助，他马上明白了什么。旋即向佛祖立下誓言；“若得免死，重修此塔，以报我佛。”
大雨滂沱，月色全无。冥冥中好象一切都有助于他。他跑到珠江边，终于脱险。
刚好有外域商船正要解缆回国，林修也顾不得那么多了，只好跪拜恳求援助。船主为阿拉伯人，平时好客仗义，也素闻林修之名声，于是结为好友，把他带回国内。
万里迢迢，到达阿拉伯国。国王见林修仪表不凡，心中大悦，将其招为驸马。
林修成为巨富，衣锦还乡。广州的官宦士人百姓无不啧啧称许。
林修想起当年他走投无路时立下的誓言，乃捐资重修焚塔，以报佛恩。
由于该宝塔湮没已久，旧塔基寻觅未果。后来林修得梦，佛告以旧基，东西相去不逾四十五尺，当有九井环列，经挖掘果然应验。
塔基中央地下还挖出一口巨鼎，内藏三剑一镜和佛舍利，这些就是几百年前昙裕法师取经留下的舍利宝物！历经多少岁月的磨砺，还像是全新的一样。林修的欢欣自不待言，他知道这有如神助，得来不易，一切全在冥冥之中。
于是他虔诚地重将这些古物原封不动地藏在塔下，然后在上面重建宝塔。
这就是相传六榕寺花塔下有镇塔之宝的传说和故事。
历时11年，到宋绍圣四年（1097）宝塔落成。新塔改用砖木结构，为阁楼式塔。八角形，外观九层，内有十七层，自第一层内高八尺五寸，递减至第十六层高六尺五寸；塔八面，自第二级栏杆边起，每面宽一丈四尺三寸，递减至第九级，则宽九尺六寸五分；塔内腔自第一层宽一丈零六寸，递减至第十七层，则宽八尺五寸；塔墙自第一级厚一丈八寸，递减至第九级，则厚六尺七丈。各层内外墙壁之佛龛，供奉有贤劫千佛像和旃檀五百应真，故称：“千佛塔”。又因塔身色彩斑斓，俗称“花塔”。塔顶层还矗立着高高的塔刹，塔刹绝顶宝珠距地面二百七十尺（今为57．６米），广州越秀山海拔为70米，对比可见此塔为古代岭南高层建筑之冠。其建筑之难度，结构之巧妙，造工之精巧，至今也无与能比者。
现在看到的六榕寺花塔，就是林修在千年前奠定的。舍利宝塔历宋、元、明、清、民国至今，每隔数十年必重修一次，遂得保存，其塔身基本保持了宋代重建成时的风貌。元至正八年（1358），在塔内顶层中部加铸千佛铜柱，高9.14米，铜柱表面有1023尊浮雕小佛，还有云彩缭绕的天宫宝塔图案。这根千佛铜柱穿出塔顶，套以三层铁铸九霄宝盘，一层双龙宝盘，顶上盖以金、银、铜、铁、锡五种金属合铸、表面镀金的火焰宝珠，用八根铁链从八面扣紧下面的双龙宝盘，盘根铜柱贯穿了全刹构件。整个塔刹重量约为8吨。此结构为全国寺塔所罕见。明代中叶至民国时，塔上佛龛供有88个佛，惜在抗日战争时被毁。1995年，用纤维钢重新塑造供奉。

六榕寺