六榕寺内，历代均有记载舍利塔内有放光之说。而今，历经千载，寺内几经劫难，舍利安在？这恐怕是六榕寺留下的未解之谜。
“舍利“是梵文音译，意指高僧大德火化后的身骨，以佛祖释迦牟尼舍利最为珍贵。相传释迦牟尼佛入灭时，神通力上涌为三昧真火，自焚身骨，骨化为白舍利，肌肉化为红舍利，毛发化为黑舍利，一颗颗细如芝麻，粗如黄豆，坚硬无比，光彩夺目，视如珍宝。后来佛舍利有部分从印度传入我国名山大寺。
按佛学之说，约2500年前，佛祖释迦牟尼在拘尸那揭城郊的娑罗树下圆寂，遗体火化后遗下84000颗（有说是8400颗）真身舍利，其中19份传入中国。在东汉桓帝（147—167）的资助下，全国设立了19座宝塔，其中最早设立的是阿育王寺，即今天陕西省扶风县的法门寺。

六榕寺