清末刊成的《净慧寺志》载：“康熙初年，塔尝吐耀。”咸丰六年（1856）七月十三夜初鼓，塔顶白气箭冲，飞光四散。“千佛塔顶宝珠受强烈热带风暴袭击而摧折坠落压毁殿宇。住持僧靖涛普湛禅师为了重修寺塔，辛勤募化十年，自同治七年（1868）兴工，告竣于冬。重修了觉皇殿、鲁般神殿、金刚殿，“并及寺门，焕然金碧。”同治八年（1869）靖涛和尚圆寂，其嗣法弟子现中悟影和尚继续经营千佛塔之重修，后得广东巡抚张兆栋与两广总督瑞麟及广州将军长善的支持，拨出经费，于是重修千佛塔刹的工程“至光绪元年（1875）四月而工毕，规模宏丽，宝相庄严，四方来观，翕然称善”。这次重修寺塔，前后历19年，可见时间之长，耗资之巨。工程之艰。
这次重修，又与“塔顶白气箭冲，飞光四散”有关。

六榕寺