三元宫坐北朝南，地势北高南低，从正门三元殿到旧祖堂、老君殿，地势逐级升高，使整座古建筑高峻轩昂，气度不凡。
登上40余级石阶可达山门——文史学者冯沛祖告诉记者，按照道家的说法，这一步就意味着进入仙界。
山门面阔5间，进深3间，山门正上方有“三元宫”三个大字，门两旁的石刻对联是“三元古观，百粤名山”，笔法洒脱雄浑。门前立着一对巨大的石狮。门内是灵宫殿，供奉有护法神王灵宫。山门始建于清乾隆五十一年（1786年），同治二年（1863年）重修。前檐石柱上可有楹联：“地接玉山，百粤灵光高北斗；水通珠海，千秋道气洽南溟。”
进入山门，正对着的是三元宫的主殿（正殿）三元殿，这是全宫布局的中心。殿面阔五间20.07米，进深五间16.87米。布瓦歇山顶，绿琉璃瓦剪边，梁架为穿斗式与抬梁式混合。殿前拜廊为卷棚顶，拜廊两边为两层的钟鼓楼。该楼层较矮，卷棚与拜廊连成一体，并跟三元殿前檐相接，与山门连在一起，成为整座建筑物的核心，风格十分独特。这在广州古建筑中是独一无二的。
山门殿里，抬头一看，你可以看到一位身披盔甲的金身将军，这是道教中的护法神韦驮。通常，在道观的第一到大殿里都要供奉他，以“扶正压邪，安稳诸方”。
山门左右是东西廊，前方的空地上是一个大香炉。继续拾级而上，就是宫中的主殿“三元宝殿”。三元大帝的塑像并不大，上元天宫、中元地宫、下元水宫并排坐在自己的位置上，金色的身子，黝黑的长须，头顶平天冠，双手捧圭。
三元宝殿之后是老君宝殿。老君就是太上老君，而太上老君的原型其实就是春秋时代著名的哲学家李耳，即老子。张道陵创立道教的时候，抬出了这位古代圣贤来做祖师爷，并得到了公认。
传说中，老子眼见周朝的衰落，最终乘一头青牛从函谷关绝尘而去。
站在老君宝殿之外，回头俯视，你会看到山门、王灵宝殿、三元宝殿依山麓而建，殿殿高升。在这条中轴线的两侧，错落着其他的配殿。老君宝殿西侧紧邻的配殿是关帝宝殿，金身的关羽在里面手捋美须，左手举书。它的西侧紧邻的是天后宝殿。门前的对联表达了人们的愿望：“天佑善良，祖种福田留厚德。后人信仰，一帆风顺保平安。”
天后殿的西南方向是鲍姑宝殿。
大殿的东北面还有吕祖殿。吕祖是吕洞宾，道教八仙之一。
冯沛祖说，过去三元宫中还有的景点包括鲍姑井、雨仙祠、祖堂、八仙殿、栖霞洞、五老洞等，现在都没有了。全宫面积比过去缩小了很多，有人通常会觉得宫中殿堂建得太密集，一间连着一间，层层叠叠，空间不够开阔。他认为，宫中令人最触目的是那几乎无处不在的对联和匾额。三元宫里，几乎是有柱的地方就有对联，对联上多有匾额，一排排的对联，一排排的匾额，这样的密度在广州其他的寺庙也是见不到的。如果谁对道家的联语、匾额感兴趣，这便成为三元宫很值得欣赏的地方。

三元宫