民国时期，广东伊斯兰教传统的经堂教育继续存在，但是随着时代的变化，经堂教育的内容和形式都在逐渐改革，开始向现代教育转变。怀圣寺经学堂、东营寺义学堂、南胜寺女经堂等原有的经堂，在民国时期都已改变过去只教阿拉伯文和波斯文的传统，开始加授汉文，有的还兼设语文、算术等文化课程。这样使得从经学堂毕业的学生，有了更广阔的出路，不仅能够当阿訇，而且也能从事其他社会工作，更加符合社会的需求。同时在办学形式上，一些经学堂也逐步发生变化，朝着世俗普通教育的方向发展，在这方面怀圣寺经学堂的变迁可以说是一个典型。
怀圣寺经学堂原是广州伊斯兰教历史上建立最早的经学教育学校，1926年中国回教俱进会粤支部将其划归自己名下主办，并且更名为中国回教俱进会粤支部附属小学。该校在教学上，阿文与汉文并重。阿文教育主要是学习宗教经文，而汉文教育中则设有语文、数学等文化知识类课程。在教学形式上，该校采取分班级授课。教师除阿訇外，还聘请一些回族知识分子担任专职教师。1929年，该校经广州市教育局批准更名为私立清真小学，仍归中国回教促进会粤支部主办。更名后的清真小学虽仍然设有阿文和宗教课程，但汉文教育已基本按照正规小学的课程进行。1931年以后，该校的男女学生也从分室教学改为同堂教学。1945年抗战胜利后，该校以清真小学的名义复校，并改变原来不收汉族学生的习惯，广收汉族学生，以弥补办学经费之不足。学生的人数于1947年发展到了350多人，从初级小学4个班发展成为完全小学10个班，教师也从大部分是穆斯林发展到大部分为汉民。学校中的宗教课程被列为穆斯林学生的必修课，不及格不能升级，而对于汉族学生则不要求必修宗教课程。可见它已经同社会上的普通学校教育差别不大。
民国时期，广州伊斯兰教的经堂教育在自身办学层次上也有所发展，这主要是指一些以培养伊斯兰教学者为目标的回文大学的创办。1914年，云南阿訇田家培来到广州，在南胜寺开办回文大学，从学者有青年哈里发（即阿訇接班人）和广州现职阿訇。这所回文大学后来大约在1920年，因田阿訇返回云南停办。1927年，濠畔寺又开办回文大学，从云南聘请马瑞图阿訇担任校长，主持教学。学员先后分三个班，当时有一些在职阿訇，以及外省来的哈里发都来从学。1936年这个回文大学迁至南胜寺上课。到1938年广州沦陷前，马瑞图阿訇返回云南原籍，该大学结束。这些回文大学都是以研究伊斯兰教的教义为主旨的，可以说是类似于今日经学院性质的学校。
民国时期，广州还出现了回民脱离清真寺，自办新式教育的现象。这就是蒋永华所创办的华夏中学。蒋永华的父亲是广州伊斯兰教乡老，他本人毕业于中山大学法学系，获得法学学士学位，曾担任广东法院的法官。20世纪30年代初，他在广州市教育路租用一幢高楼的第四层及天台，开始办华夏中学，他本人自任校长，在教育厅备案署名蒋公敏。后来他又在莲花井购置平排三进深的两间平房，并租用屋后大片空地，以及空地附近的一座两层楼（今广东迎宾馆正门对面），作为校址，开始招收学生。这所学校设有初中三个年级，完全按照当时社会上新式学堂的教学计划安排课程，学校里有男女生宿舍、篮球场童子军操场，还有大约四十平方米的图书馆，藏书比较丰富。学校招收的学生不限民族，最多时达到300多人，其中回族学生先后有百名左右。该校虽然办得不错，但是由于大部分代课的老师及教导主任、副校长均为中山大学的在读学生，临时性比较大；加之主要的校董林翼中在陈济堂离粤、广东官场大换班时也悄然离去，故华夏中学仅开办四年时间，就被合并到其他普通中学了。华夏中学虽然只存在了四年，但作为广州回民自己创办的新式中学，在当时产生了积极的影响，同时也表明广州回民知识分子爱国、进步意识的日益增强。

经堂教育