梁朝昙裕法师“奉敕建塔开山”，寺院规模因而扩大，其时“栋宇绵邈”。建塔之初，又赖于皇室成员、广州太守萧某运用权力“征日官而正墨”，日官乃是地方政府掌理天文历数的官员，难怪地方志说舍利塔是太守萧誉所建的了！笔者考证，昙裕法师虽非武帝母舅，但也是皇族姻亲、青少年时己成为内道场沙门之一。曾与武帝一起乘舆出入宫禁，所以《王勃碑记》说：“岂直王公钦振锡之风，固亦天子降同舆之礼”。从武帝和昭明太子到整个皇室，以及朝廷王公巨卿都钦崇佛法、甚至参与泽著经论，佛教事业当然兴盛。
唐高宗李治（649-683）自幼受佛教熏陶，做太子时即己为母后长孙氏修建慈恩寺。永徽年间（650-655）广韶等州都督李燧，朝散大夫广州太守史某，明威将军行禺府折冲都尉李公，上述三位地方长官中有两位具有皇族血统，同是政权代表，都一样扶持、维护佛教，王勃在《碑记》中分别赞扬他们：“高名夙著、佛化横飞”；“真穷释部……且味禅宗”；“频光法会、护持攸仰”。宝庄严寺上座宝轮和尚则不失时机地依靠他们的力量，把“爰自梁末以迄皇初，”历百年风雨侵蚀的木塔修葺一新。
南汉时（917-971），广州升格为兴王府，一国之都，南汉数代君主皆崇尚佛法，宝庄严寺易名长寿寺，成为刘氏宗室女修道之所。每年上元、中秋佳节都上舍利塔燃灯悬烛以兆丰年。号曰“赛月金灯”，城内各里巷亦叠薪成塔同时燃烧，蔚为壮观，自此成为民俗，到清末民初始渐式微。南汉高祖刘龚、中宗刘晟先后在大有十一年（938）、应乾元年（943）礼请云门宗始祖文偃禅师（864-949）来到兴王府宫中弘法，当时铸造用以摆设各色供品的铁花櫈，有一双留存下来，“文革”前还藏存在六榕寺藏经楼（解行精舍旧址），后主刘鋹大宝七年（964），敕赐长寿寺铜钟一口、重1260斤，钟上铸有“将镇祖山功资国祚”等文字，南汉灭亡时，长寿寺舍利塔随之焚毁，“胜迹荡然”！
宋朝立国后，国势不足以遏制西北方地方民族政权对中原的入侵威胁，赵宋皇室理智地给佛教以适当保护来加强国内统治力量，宋太宗赵炅（977-997）还亲自撰作《新释三藏圣教序》。《六榕史料》记载：“端拱二年（989），郡人修葺梵宇，并造惠能六祖铜像，高八尺，重一千余斤。”此事决非偶然。广州是达摩祖师西来登岸之地，后来六祖惠能接过衣钵又是在此祝发受戒、初演东山法门，禅门子孙甚众。为了争取佛门弟子的拥戴，宋太祖开宝初年（968）。即对禅宗六祖往昔在曹溪演法道场赐额曰“南华禅寺”，其时南汉朝延正濒于崩溃，数年后即归降宋朝。
绍圣四年（1097）千佛塔落成，敬请皇叔赵叔盎撰作并书写碑记，碑文有：
国家列圣相承，重煕累洽，以伸道设教……像教之隆、度越前古矣……南海郡……仁祠之盛。列刹相望，然未有所谓窣堵坡者……此独阙如，则何以极佛土之庄严以尽吾邦归向之城，而为邦人植福之地邪？
从宋皇叔撰写之碑文内容，可见净慧寺窣堵坡（今六榕寺花塔）之兴建，乃是宋朝皇室政权护持佛教的重要标志。
苏轼何时题书“六榕”二字？撰写寺志时有人提出问难。历来有“南迁”、“北归”二说：任职广东学政的北平名士翁方纲（1733-1818）曾在乾隆三十五年（1770）秋到净慧寺考察唐文宋刻《证道歌碑》，此事写入他的撰著《粤东金石略》中，书中有一段注文：“……苏长公南迁过此，书‘六榕’二大字”，因此，后人以为“六榕”二字乃是苏轼在绍圣元年（1094）贬谪南来时书写的。嘉庆二十三年（1818），净慧寺将“六榕”二字入石，延请浙江文士王文诰（1764-1834）撰作碑文，王氏考证认为“六榕”二字书于元符三年（1100）秋，即其遇赦北归重到广州之时。
笔者认为：绍圣元年（1094）时，广州净慧寺尚在重修期的忙碌中，苏轼本人正赶赴惠州谪所，此时题书“六榕”的可能性很少。而王文诰的考证凭据翔实有理，可作信史肯定（详见《“六榕”大字碑》）。
元朝（1271-1368）是蒙古人建立的国家，他们本来没有多少宗教意识，立国前，成吉思汗（？-1227）遗命子孙给各宗教以平等待遇，他的孙子忽必烈（1260-1294）登位之前己尊藏密高僧帕思巴（1239-1280）为师，即位后遂命掌全国佛教。以后，帕思巴法系的喇嘛僧持续掌理元代佛教。大兴佛寺，曾“规定每寺住僧约三百人”同时“将大量田地给予寺院。”广州净慧禅寺千佛塔塔刹上，为铭记修塔功德而镌刻的元朝净慧寺僧名号、计有53位之多。
至元十八年（1358）重修寺塔时铸造千佛铜柱，铸件表面共有1023尊佛像和祥云缭绕天宫宝塔图案，还有“皇帝万万岁”字样，此前约三百年，宋初重建宝塔时，塔刹各物多为铁铸（唯绝顶宝珠为金、银、铜、铁、锡五金合铸，表面涂金），其中之天盘寿山盖虽在宋淳熙十年（1183）更换过，此时（1358）又须再换，为永久计，也改铁为铜。天盘有16面装饰边，上刻密宗奉读的“咒经”。民国17年（1928）时，日本人森清太郞曾将天盘所刻咒文拍摄下来，此即元代藏传密教在广州六榕寺留下的宝贵遗迹。
明太祖洪武六年（1373），广州净慧寺的大半寺院被改建为“永丰”谷仓，计有16座！昔日主要殿宇建筑仅存千佛塔和观音殿。此事自有因由。据《中国佛教.明代佛教》：“太祖早年出身于伴侣，对于佛教有意加以整顿……到了洪武十五年（1382），对于佛教的整顿更加积极……”。洪武二十四年（1391）五月，太祖诏命“各州府县只许保留大寺观一所”。此时，广州净慧寺归併于城西龟峰西禅寺。这西禅寺原来就是净慧禅寺的别院，创建于淳熙年间（1174-1189），为应接各地游方僧人而设。
永乐九年（1411），净慧寺僧众自西禅寺返回旧居驻锡，此时将苏轼手书“六榕”题匾悬挂山门，此举无异于昭告世人：“此乃坡仙遗迹，十方切宜珍惜”！其后众多士庶认此匾额作寺名而呼之曰“六榕”寺。对此，曾手握《净慧寺志》和《六榨寺须知》的六榕寺住持铁禅和尚（1865-1946）撰《重修六榕寺花塔缘起》加以解释：“……所以称六榕寺者，以东坡于元符三年游寺，见有古榕六株，留题‘六榕’二字，寺僧镌石牓诸大门，人遂以六榕寺称之，实非寺名也。至‘花塔’云者，《净慧寺志》谓‘旗俗称六榕寺为花塔庙’，实不解所谓……亦非塔名也。但今发起重修，宣说《缘起》，题用‘六榕寺花塔’之俗名……为通俗计耳”。
明代中叶为了赈济各地饥荒，实行收费发牒政策，有牒僧道于是大量增加。此时，广州净慧寺僧人众多，分为八房（后世再发展而成十房）。据《六榕史料.法系》记载：
……玉田如玘老师太，开番禺六房。柯子岭和顺岗六榕寺祖师墓园有玉田如玘塔碑，碑文称：“大明弘治陆年（1493）癸丑岁三月吉旦立。住净慧太祖翁玉田讳如玘老和尚。大清光绪八年（1882）岁次壬午仲春吉旦重修。祀香远孙悟影……等立。
明代中叶，广州净慧禅寺制订和实行了“广州净慧寺禅宗法系”，由长辈师尊依祖师规定辈分赐弟子以法名法字，延续到第三十传“心”字辈止。
清初重视佛教，顺治帝不仅延请木陈道忞（1596-1674）等高僧入宫为说佛法，且曾亟欲出家为僧，《六榕史料》录有《顺治题壁诗》。雍正帝常与禅僧往来，并自号“圆明居士”，又集古德参禅语要辑成《御选语录》19卷，雍正十一年（1733）四月十一日，敕谕（《大清世宗宪皇帝谕》）晓示天下宗门禅林。敕文到广州府后，选择广州大佛寺为宣谕之所，《六榕史料》载有敕谕全文，盖因净慧寺僧达源觉性禅师任广州府僧纲司都纲之职，故存有抄本也。此外，清初净慧寺还留存了乾隆三年（1738）敕命（《大清高宗纯皇帝护僧榜文》）和乾隆三十一年（1766）敕命（《严禁侵占寺产碑》）。
据《净慧中兴常住田产记》，乾隆年间，“南海番禺各房诸祖捐出实税田总计三顷十四亩零。皆归于净慧寺常住公众，永为禅林资费。毋自私焉，但我后人须当知悉”。这篇碑记还有一段文字是解开“何谓清初五大丛林”之谜的一大关键，兹录如下：
……本寺虽为名刹。但向来院寺迫狭。难于广接十方。非所以云方便也。是时。具五宗乘祖。同发大心。捐资叁千两正。乾隆辛酉六年（1741）。为之购地。鸠工庇材。若禅堂客堂斋堂法堂僧寮厨廥仓库以及园囿。一一创建。宏整精严。由来十方云集。本寺复称大丛林焉。
柯子岭六榕寺祖师墓地今存具五宗乘老和尚墓碑，其铭文与上录碑文大同小异，尤可注意的是将“为之购地”具体地写作“广购近地”，无异于说其所购之地乃是明初被割为永丰仓之旧地。
上述寺院碑记和墓塔铭文解答了“何谓清初五大丛林”：顺治十二年（1655）起，约十年功夫，在达摩祖师登岸处之西来庵，扩建而成华林寺，成为可与光孝寺并列之大丛林，康熙三年（1664）建成大佛寺，羊城又增一大丛林；康熙五年，海幢寺购置寺旁田地，经营十数年，增建殿堂23座，遂与上列三刹并称四大丛林；康熙九年起，西关长寿庵始营建作长寿寺，占地面积更广，称五大丛林之最，后来到了康熙四十二年（1703），创办人大汕和尚吃官司，长寿寺僧人星散，不复为弘法道场。及至净慧寺乾隆中兴，遂列为羊城五大丛林之一。
咸丰六年（1856）七月，因受强烈热带风暴冲击，千佛塔塔刹倾覄坠下，当时净慧寺经济和技术力量皆有不足，十数年后仰赖官府人材和拔取海防经费，“至光绪元年（1875）四月而工毕”，改名“六榕寺”。
光绪三十年（1904），皇帝赐匾“清修忠梱”予六榕寺，这是佛门弟子“捐浮财保寺庙”的明智之举，也反映了清代末年“毁寺兴学”的无奈。
民国元年（1912），临时大总统孙中山先生宣布，废除僧官制度，广东佛教总会继中华佛教会后成立，会址设在六榕寺。孙中山先生关心和支持佛教的态度，可以从他在1912年三月给佛教会的一封信获知：
贵会曷宏通佛教，提振宗乘，融摄世间一切善法甄择进行，以求世界永久之和平及众生完全之幸福为宗旨。道衰久矣！得诸君子阐微索隐，补弊救偏，既畅宗风，亦禅世道，曷胜瞻仰赞叹……《民国约法》……载明：“人民有信教之自由”，条文虽简，而含义甚宏，是贵会所要求者……凡承乏公仆者，皆当力体斯旨，一律奉行。此文所敢明告者……孙文谨肃。
民国2年，侨迁在外达660年的六祖铜像，自西禅寺迎归六榕寺供奉。6年（1917），撰《六祖铜像记》：
……后寺火。塔并圮。像独岿然。寺僧以红劫摧残。禅棲失所。因祖僧手创之西禅寺打包往居。并铜像迁就供奉焉。此在宝祐初年（1253）。慧祖铜像甫离净慧侨龛西禅之根因也……是慧祖铜像虽多年出离六榕。而其瓶钵供奉。实元一日偶离六榕之香火产也。
此段碑文证实西禅寺乃是宋代净慧寺僧手创之别院，说明六祖铜像虽然多年侨龛西禅，实在没有一天离开过六榕寺的香火供奉。
六榕寺在民国2年至9年的重修事，有两条主线，其一是修建六祖堂、迎归祖像，并树立“曹溪法乳”牌坊；其二是补植四株新榕。以符“六榕”之数，并建“补榕寺”纪念，又将《东坡笠履图》入石，置于新建之“东坡精舍”内。民初此次重修，未立碑记，故而今不能一一确指某年月某当事人的具体活动，只能据资料推断当时概况。
究竟当时是补植五株榕树还是四株？“补植五株”之说是1963年六榕寺住持据人口述的记录；而“补植四株”则是民国政府早年的《文物调查》档案，且分别有文章、图片可资佐证，应为定论。
中华人民共和国建国之初，广州市人民政府重视保护宗教文物，于1952年拨款装花塔（1953年、1963年再次维修装饰），六榕寺僧以及全市佛教四众的宗教信仰也受到尊重。1953年起，觉澄法师在六榕寺内组织“星期唸佛会”。登记参加者270人，此后两年又先后开讲《法华经》、《阿弥陀经》、《金刚经》，也为信众授戒，皈依者渐众。1955年，觉澄法师荣任广州市第一届政协委员。1956年5月，觉澄主持编撰成《六榕史料》，同年秋又与姚雨平居士一起，在市政府宗教处召集的市佛教四众会议上被推选为负责人，着手筹备建立广州市佛教协会。
五十年代中，朱光市长在《广州日报》上发表了一组为新人新事谱写的新词《广州好》，其中一首是以咏叹六榕寺历史文物为内容的：“广州好，花塔插云霄，六祖色空留塑像，东坡来去唱南陬，榕树啸千秋”。惜乎其后“左”的影响日甚，到“文革”而到极点，众所周知，不说也罢。
“文革”后邓小平复出而拨乱反正，遂有宗教政策之逐步落实。1978年8月，广州市设计院测得花塔高度为57.62米；倾斜度1。14，13，，；倾斜实距1.219米（其后至今每年观测两次，结论是“相对稳定”）。1978年冬，市人民政府拨款30万元，对全面维修前的花塔进行一次修葺和装饰（后来于1981年二月维修工竣）。
在改革开放声中，1982年9月起，六榕寺由市佛协和六榕寺僧人自行管理。1983年4月，六榕寺被确定为全国重点寺庙之一，从此，六榕寺弘法活动恢复正常，中外宾客到寺礼佛游览者不断增多，在海内外信众的热情布施支持下，六榕寺先后兴建了大雄宝殿，友谊佛殿（泰佛殿），说法堂，观音殿，功德堂，藏经阁等主要殿宇，并修葺改建（或重建、移置）了山门，天王殿，六祖堂，补榕亭，旁及榕荫园，客堂、斋堂、僧舍多处，并重新刻立众人所系而外违多年的《广州宝庄严寺舍利塔碑》。
记得约摸10年前，云峰法师讲过：“总结历史经验，国运兴则佛教兴”。信哉！斯言。

六榕寺