长寿寺舍利塔燬于南汉（917-971）灭亡时，重建于宋元祐元年（1086），历时十一载，到绍圣四年（1097）建成，以塔内外佛龛中供奉贤劫千佛和栴檀五百罗汉像，改称千佛塔；民国24年（1935）重修工竣，正式命名花塔。
花塔前身既称舍利塔，其真有佛舍利乎？笔者在修志数年间承蒙多人垂询，惟以《碑记》作答。兹先引《王勃碑记》（仍依碑文先后摘引）：
然则麟凤下灵。犹称瑞贶。……况乎释迦妙相，如来真骨。虽八万四千之宝塔散在群方。而九十二道之灵虹终闻间出。……是岁也。忽于此塔重覩神光。玉林照灼。金山具足。倏来忽往。类奔电之舍云。吐燄流精，若繁星之转汉。倾都共仰。溢郭同窥。士女几乎数里。光景动乎七重。实孟冬之日也。
简译如下：
既然尘世间“有凤来仪”于歧山、“鲁人获麟”于郊野等等祥瑞详载于册籍……何况释迦如来的真骨，间或在各地众多宝塔中示现彩虹般的灵光，就更值得叙述了：永徽元年（650）十月，广州宝庄严寺再次放射光华（据传、此前也曾示现），有如金山玉林、照耀空际，忽然间，化作彩虹般的光束，往返流转。都城人士空巷而出，共同仰观此一灵异景象。
次引宋皇叔赵叔盎撰《重修广州净慧寺塔记》（依行文先后摘要）：
……于是留舍利八斛四斗。为浮图八万四千。遍满娑婆。利乐群品。此塔庙之所由兴也。……今上即位之元……始议建塔于净慧精舍。……比工之兴……掘地得古井九环列基外。适与度合。中央复获巨鼎。中藏三剑一镜。銛瑩如新。是日。郡官州人云集来观。咸谓至诚感通。叹未曾有。……下瘗佛牙舍利。殉以珍宝。
据此碑文得知：元祐元年（1086）重建宝塔时，寻得旧塔基址，发掘出梁代建塔时瘗藏的佛牙舍利，众皆礼拜赞叹，施工时仍旧瘗藏于塔基之下、“殉以珍宝”。
近闻权威者言，佛祖遗骨权存两枚（其一在北京，一在宁波）云云。倘据广州六榕寺之重修碑记而称尚有其三，可乎？愚见以为千年公案，缘到之时当有了结，原不忙定于一尊，犹记陈云有言：“不唯上、不唯书、要唯实”，今敬录之以共勉。
六榕寺花塔历来屡次示现祥光之事，不仅见载于寺塔重修碑记和住持僧的文记中，地方志也有记录。近世科学昌明，于是有人阅读上述文献后质疑，指未被科学解释者为迷信，殊不知科学实验之功能是有限的。自然科学和社会科学领域内未被验证（或无机会验证，例如社会变革）之事例尚多。况且作为佛教思想基础的佛学，源出古代印度，其哲理思维和意识概念富有时代地域习俗风采，古今中外佛教史上许多不可思议的灵异瑞应也未被目前水平的科学所验证，这并不影响佛教徒的坚定信仰和矢志修行。

六榕寺